Выделенные средства будут направлены на строительство и последующий ввод в эксплуатацию комплексов очистных сооружений и системы водоотведения, мусоросортировочных станций и полигонов твёрдых бытовых отходов, а также модернизацию систем теплоснабжения с переводом на экологически чистые технологии.

Федеральная целевая программа "Охрана озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории на 2012 - 2020 годы" предусматривает комплекс мер по проведению оценки экологического состояния территорий, разработке и реализации механизмов государственной поддержки работ по сокращению и ликвидации экологического ущерба, нанесенного в результате прошлой хозяйственной деятельности, а также по развитию системы особо охраняемых природных территорий федерального значения.

Государственным заказчиком ФЦП «Охрана озера Байкал и социально-экономическое развитие Байкальской природной территории на 2012–2020 годы» является Минстрой России. Целью программы является охрана озера Байкал и защита Байкальской природной территории от негативного воздействия антропогенных, техногенных и природных факторов.