Комплекс находится в ведении ФКП "Дирекция комплекса защитных сооружений г. Санкт-Петербурга Министерства строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации". Данное предприятие обеспечивает эксплуатацию и содержание Комплекса защитных сооружений г. Санкт-Петербурга от наводнений, а также ведет строительство других объектов, заказчиком которых является Минстрой России.

Как заявила заместитель Министра строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации Елена Сиэрра: «Итоги функционирования комплекса показывают его эффективность. С начала эксплуатации сооружения в августе 2011 года было предотвращено 6 наводнений, одно из которых могло стать наиболее катастрофичным – в городе вода поднялась бы до отметки 2 м 81 см. Но комплекс не допустил и не допустит подобного в Санкт-Петербурге».

В случае возникновения угрозы наводнения защитные сооружения Санкт-Петербурга полностью закрываются в течение 1,5 часов.

Но кроме необходимой городу защиты от наводнений, комплекс выполняет ряд других функций: пропуск судов при круглогодичной навигации, движение автомобилей по скоростной автомагистрали, соединяющей Кронштадт и Санкт-Петербург, а также техническое обеспечение природоохранных мероприятий. Благодаря своей многофункциональности Комплекс является уникальным сооружением не только для России, но и для всего мира.

Через основное судопропускное сооружение комплекса С-1 проходит главный корабельный фарватер Санкт-Петербурга и осуществляется круглогодичная навигация судов международного класса с водоизмещением до 90 000 тонн.